查干湖镇有各种动物98科、331种。其中陆生脊椎动物有49科、147种；水生动物15科68种；鸟类有34科、116种。兽类主要有兔、狼、赤狐、黄鼬、东北刺猬、黄鼠、棕蝙等；鱼类主要有鳙鱼、鲢鱼、鲤鱼、鲫鱼等。在鸟类中，国家Ⅰ级保护野生动物有赤颈鹤、白头鹤、丹顶鹤、大鸨等，国家Ⅱ级保护动物有白枕鹤、白天鹅、蓑羽鹤、雀鹰、灰鹤等。此外还有大雁、稚鸡、斑秋沙鸭、鸬鹚、鹌鹑、斑翅山鹑（沙半鸡）、灰脊鸥、鹭鸶、百灵鸟、灰沙燕、花啄木鸟等。