查干湖镇属北温带大陆性季风气候区，春季干旱多风，夏季湿热多雨，秋季微凉清爽，冬季酷寒少雪。年平均气温4.5℃左右，一月份温度最低，极端最低气温－36.1℃；最高气温出现在七月，极端最高气温37℃。年平均日照2900小时左右，无霜期135～140天。年降水量在400毫米至500毫米之间，多集中在七、八月份。这两个月的降水量约占2015年降水量的三分之三。春季多风，春夏秋三季以西南风为主，冬季则多刮西北风，年平均风速为13.3米/秒。