白云山有丰富的自然资源。

植被种类相当丰富，拥有植物876种，其中有5种国家保护的珍稀濒危植物：鹅掌揪、土治香、降香黄檀、油杉、大叶竹柏等。野生的657种植物中，许多种类具有潜在的经济价值，如用材树种86种，药用植物343种，野生观赏植物97种。

白云山的绿化覆盖率已达95%以上 ，白云山共有绿化面积4.2万亩，每天可吸收2800吨二氧化碳，放出2100吨氧气，可供近300万人正常呼吸之用，被称为广州的“市肺”。 

白云山空气质量已达国家一级标准，噪声质量达国家0类标准，地表水质也达到国际规定。一些山涧水、泉水甚至可以直接饮用。