1982年，山东省人民政府批准在长岛建立鸟类自然保护区。1984年，国家林业部批准建立山东省长岛候鸟保护环志中心站。1988年，国务院批准建立长岛自然保护区，为山东省第一个国家级自然保护区，是中国开展鸟类环志工作的主要基地。从1984年开始进行鸟类环志工作，到1988年共环志各种鸟类10目、19科、58种、13294只，促进了鸟类资源的保护和调查，为保护区的建设提供了依据。

长岛县的每个岛屿都有鸟类。现已有12个大岛被划为猛禽自然保护区，鸟类集中栖息的北隍城岛、大黑山岛、大竹山岛、砣矶岛和南长山岛的礓头也被划为重点保护区。另外，无人居住的车由岛、高山岛和猴矶岛还被划为鸟类特别自然保护区，以利夏候鸟的集中繁殖。